Особливості геолого геоморфологічної будови та кліматичних умов, наявність численних озер вплинули на характер рослинності парку. Сучасний його рослинний покрив відзначається мозаїчністю та різноманітністю: ліси займають 11 367,3 га (34,6 %), луки 83,2 га, болота 816,2 га, водойми 6170 га. Решта площі зайнята під орними землями, садибами, дорогами тощо.
Ліси поширені на території парку порівняно рівномірно, але суцільні великі масиви їх зосереджені в східній частині. Соснові ліси є панівною (70 %) лісовою формацією. Для них характерний середньовіковий деревостан, досить високий і добре зімкнений. Найпоширеніші сосняки чорничники. Їх охоче відвідують як місцеве населення, так і відпочиваючі в сезон збору ягід. Дещо менші площі під сосновими лісами, зеленомоховими та вересовими, які відзначаються особливою привабливістю та своєрідною красою. Вершини піщаних гряд вкриті сосняками лишайниковими.
Досить значною у лісовому покриві є роль вільшаників (15 %). Невеликі ділянки їх розкидані по всій території парку. Вони розташовані по периферії боліт та у пониженнях на торф'янисто глейовпх грунтах. Переважають вільшаники кропивові, часто трапляються гравілатові та осокові. Значення їх для рекреації невелике, а для екології неоціненне. Вони є акумуляторами вологи, слугують добрим сховищем для звірів і птахів.
Березові ліси (10 %) парку трапляються на місці корінних соснових лісів. Особливо привабливі для відпочинку березняки орлякові та злакові. Їх світлі деревостани, грибні місця приваблюють відвідувачів парку.
Ділянки з більш багатими грунтами зайняті дубово сосновими та грабово дубовими лісами, проте площі їх незначні і рекреаційне значення невелике.
На території парку багато боліт. Вони різноманітні за потужністю торф'яних шарів і типом рослинного покриву. Найпоширеніші низинні (евтрофні) болота, серед яких переважають трав'яні. Вони сформувалися переважно в заплаві Прип'яті і частково Західного Бугу. В міжозерних котловинах зосереджені як евтрофні, переважно осоково гіпнові, так і мезотрофні болота, зрідка трапляються оліготрофні. Основні масиви лісових боліт у східній частині парку. Найбільшим із них є болото Князь Багон.
Рекреаційне значення боліт загалом незначне. Використовуються вони для науково пізнавальних екскурсій та наукових досліджень. Проте екологічна роль болотних екосистем дуже велика. На болотах ростуть рідкісні та лікарські види рослин, ягід, занесені в Червону книгу України, шейхцерія, береза низька, орхідеї тощо.
Своєрідності території парку надають і смарагдові килими лук, основні масиви яких прилягають до східної частини заплави Прип'яті. Невеликими ділянками трапляються вони і серед лісових масивів та на припіднятих ділянках навколо боліт.
Велика кількість озер, каналів та інших водойм зумовила значний розвиток прибережно водної рослинності. Прибережна смуга зайнята переважно очеретом, а глибше, із збільшенням товщі води кугою озерною. На великих глибинах трапляються угруповання жабурника, рдесників, водопериці та інших. Угруповання водних рослин відіграють велику роль у підтриманні функціонування озерних екосистем. Так, прибережні ценози створюють умови для нересту риби. Прибережні зарості озер є також місцем гніздування багатьох птахів. Созологічного значення Шацькому парку надає наявність рідкісних рослинних угруповань. Серед лісових угруповань рідкісними для України є соснові ліси з підліском із ялівцю та угруповання з участю ялини, які розташовані на південній межі ареалу. Ці угруповання занесені до Зеленої книги України. Рідкісними для Полісся є сосновий бір левкобрієвий, сосняк мучницевий, сосняк колючеплауновий, домінант травостою якого занесений до Червоної книги України.
Серед болотної рослинності рідкісними є фітоценози з участю шейх церії болотної (занесені до Зеленої книги України), угруповання берези низької, поширені на південній межі і занесені до Червоної книги України: фітоценози осоки дводомної та осоки Давелла.
Серед водної рослинності рідкісними є глечиково-сніжно-білататтєві ценози (Зелена книга України) та очеретяно альдровандові угруповання, де останній є реліктовим видом.
Флора парку налічує 789 видів вищих судинних рослин, серед яких найбільшими за кількістю видів є складноцвіті, злакові та осокові родини. Домінування осок у родовому спектрі флори свідчить про бореальні риси і високу обводненість території. В екологічному відношенні переважають евтрофні та гігрофітні види. Деякі види домінують поблизу меж суцільного поширення, тому слід проводити моніторинг їх, а в разі потреби і цільову охорону.
До Червоної книги України занесено 28 видів флори парку. Найціннішими з них є казкові зозулині черевички справжні, чарівна булатка червона, мініатюрна орхідея, жировик Лезеля, комахоїдні рослини росички англійська та середня, товстянка звичайна.
Рослинний світ це лише один із компонентів екосистем, хоча і найважливіший, що визначає їх будову і функціонування. Велике значення має ще інша складова їх фауна.